元惠宗在位之初，1335年燕帖木兒的兒子唐其勢陰謀推翻，另一位立元文宗義子答拉海。幸運的是，右丞相伯顏粉碎了叛亂，但他屬于保守派，掌握了朝政，權力很大。與元惠宗發(fā)生沖突，他禁止?jié)h人參政，取消科舉。在伯顏之侄脫脫的幫助下，1340年元惠終于廢墟伯顏。在元惠宗親政初期，采取了一系列改革措施，如頒布《至正條格》等法律法規(guī)，創(chuàng)新政治，緩解社會矛盾，歷史上稱之為至正新政。1343年，元惠宗下令修編《遼史》、《金史》、《宋史》三史，由右丞相脫脫(后改阿魯圖)主持，兩年后修編。然而，元惠宗后期忽視了政治事務，以至于在1350年發(fā)生自然災害和人為災害后引發(fā)了民變。
元朝長期處于繼承權、貪污、權臣擅政、不任用漢人、壓榨人民的壞習慣中，使政治始終無法上軌。如果這種不穩(wěn)定的朝廷再次受到自然災害和人為災害的干擾，往往會導致國家的復蘇。元末，特別是從1340年代中后期到1350年代，干旱、瘟疫和水災時有發(fā)生，尤其是黃河地區(qū)。與此同時，元廷不斷收取各種稅費，使人們的生活更加艱苦，使白蓮教逐漸流行起來，成為對抗元廷的力量。河南趙丑同、郭菩薩領導的武裝起事早在1325年就發(fā)生了。1338年，彭和尚、周子旺等白蓮教徒在江西袁州(今江西宜春)起義失敗，彭和尚逃往淮西。1350年，元廷下令改變鈔票法，鑄造“至正通寶”錢，大量發(fā)行新的“中統元寶交鈔”，導致物價快速上漲。第二年，元惠宗派賈魯治黃河，想歸故道，用民夫十五萬，士兵二萬。而官員乘機敲詐勒索，引起不滿。
民變紛起
韓山童、劉福通等白蓮教首領決定在5月份帶領教眾起事，但事泄，韓山童被捕。劉福通再立韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打著“復宋”的旗號，以紅巾為標志。后來郭子興在安徽濠州起事，芝麻李等人占領徐州，這是東方紅巾軍。在西方紅巾軍方面，彭瑩玉、鄒普勝、徐壽輝在湖北省奇州起事，國號天完。在河南江北、江南、兩湖、四川等地，以及非紅巾軍張士誠等部門的起事，民變揭開了元朝滅亡的序幕。
元廷派兵鎮(zhèn)壓各地紅巾軍，丞相親自率軍南下攻占徐州芝麻李軍，一度壓制民變軍。然而，在1354年南攻高郵張士誠軍之際，被元廷大臣彈劾卻功虧一簣。陳友諒和四川明玉珍，徐壽輝部最終分為兩湖。1356年，兩淮郭子興的下屬朱元璋開始以南京為基地擴張自己的領土；1363年，他與據說有兩個湖的陳友諒作戰(zhàn)，最終贏得了鄱陽湖之戰(zhàn)；1365年占領兩湖后，同年冬東攻打江蘇沿海地區(qū)的張士誠；1367年平定張士誠后，繼續(xù)南下壓制浙江方國珍。到目前為止，江南沒有人反抗朱元璋。此外，從1357年到1366年，福建發(fā)生了色目軍亂，史稱也思巴奚兵亂。與此同時，元朝率領元軍在察罕帖木兒和李思齊反擊北方紅巾軍。1363年，北方紅巾軍最終在安豐戰(zhàn)役中輸給了降元后的張士成。劉福通戰(zhàn)死，韓林兒南下奔赴朱元璋，隨后被殺。
朱元璋統一江南后，于1367年下令北伐。他派徐達和常遇春率領明軍分別攻打山東和河南，封鎖潼關，防止關中元軍進入中原。明軍于1368年8月攻占元大都，元惠宗北逃。歷史書稱之為元朝末年。然而，元廷仍在首都，未來的歷史書稱之為北元。明廷認為元惠宗命運順利，死后的頭銜是元順皇帝。
北元時期
1368年，元廷退回蒙古草原，元惠宗退到上都，第二年又到了應昌。他繼續(xù)使用“大元”國號，歷史上稱之為北元。當時，除了元惠宗據說是漠南漠北，關中還有元將擴廓帖木駐扎在甘肅定西，元廷還領導著東北和云南。為了占領北方，明太祖采取了兩種方式，各種方式都被打破了，這是第一次北伐。元惠宗戰(zhàn)敗后于1370年在應昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明將馮勝奪取甘肅地區(qū)。然而，元將擴廓帖木兒仍在漠北多次與明將徐達等人作戰(zhàn)。明太祖曾多次寫信招降，但擴廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為“當世奇男”。元昭宗于1378年4月去世，繼位的元天元帝繼續(xù)與明朝作戰(zhàn)，多次侵犯明境。
至于北元領有的東北地區(qū)和云南地區(qū)，1371年，元朝遼陽行省平章劉毅降明，明朝占領遼寧南部。然而，東北其他地區(qū)仍由元朝太尉納哈控制。納哈在金山（目前遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸）派出20萬軍隊。他擁有豐富的畜牧業(yè)，與明軍對峙了十多年，多次拒絕明朝的撫養(yǎng)。馮勝、傅友德、藍玉等人于1387年發(fā)動了第五次北伐，目標是攻占納哈出金山。經過多次戰(zhàn)爭，納哈于1387年10月投降藍玉，明朝占領東北。元朝梁王守衛(wèi)云南，將匝刺瓦爾密，在元廷退回草原后繼續(xù)忠效。1371年，明太祖派湯等人領兵平定有四川明玉珍，并勸降梁王失敗。1381年12月，明軍攻入云南，1382年梁王逃離昆明自殺，隨后明軍攻克大理，明軍平定云南地區(qū)。
1388年5月，明太祖命藍玉率領明軍15萬元發(fā)動第六次北伐，以徹底掃除北元勢力。明軍橫跨戈壁至釣魚兒海(今中蒙邊境貝爾湖)擊敗元軍，俘虜8萬多人。元天元帝和他的長子天保奴逃走了，但年輕的保奴被明軍俘虜了。到目前為止，北元的國勢已經大幅下降。1388年，元天元帝也被阿里不哥后裔迅速迭爾殺害，北元不再使用年號。1402年，鬼力赤殺元帝坤帖木后改國號為韃靼，北元亡.