燕王朱棣后來起兵造反，將老子積極從容的孫子皇帝逐出南京的皇宮。然而，這位皇帝的下落至今不明。這個事實與朱允炆選擇下葬時間不當有直接關聯，成為朱棣對他采取行動的首要理由。
現在史學界大多認為，朱允炆確實是”速葬“了朱元璋。那朱允炆為什么敢冒天下之大不韙?有史書上稱，這是朱元璋自己選擇的時間，”故即位而葬，同日并舉，皆高皇遺命，正以速葬消諸。
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“而秘史更稱，朱允炆實際上在即位的前一天，即閏五月十五日把朱元璋給下葬了。這是”領命于地下“。這里說明朱元璋擔心自己死后出亂子，留下遺言要朱允炆從速辦自己喪事的。
朱允炆為什么要這樣，除了”遵旨“，還有原因嗎?急于即位?《皇明大政記》稱，”并初虞致祭，不啻數壇，尚稱皇太孫。寧有大葬無嗣皇帝主祭之理?“這里說的很明了了，也有道理，就是朱元璋剛死時，為他辦事的朱允炆身份還是皇孫，這與禮制不符，老皇帝死了，怎么能沒有新皇帝繼位?國不可一日無君啊。?
而從天氣的角度考慮，速葬朱元璋也不無道理。南京素有”火爐“之稱，閏五月時已是夏天了，很熱了。不早早埋了，還想發臭?
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朱玩璋到底是哪天死的哪天葬的，下葬前到底發生了什么?根據上面的文字和相關史料可以歸結如下，大概是朱允炆在朱元璋一閉眼，就想著即位的事情，而為了不讓朱棣諸王回京(南京)找事，壞了自己的皇帝大夢，把朱元璋從速埋了，從速上位，并給各王發遺詔，不得回京奔喪。等等。?
那決定下葬后又發生了什么?這同樣是一個謎團。
在南京民間，連小孩子都知道這樣的傳說，朱元璋下葬那天出現了”迷魂陣“，就是南京的十三個城門同時出殯。此說法史書有記載，朱國楨的《皇明大政記》稱，朱元璋下葬那天”而發引，各門下葬“。為什么要這樣?在民間，有錢的大戶人家，為了干擾視聽，防止有人盜墓，有意隱藏先人埋葬地點，而一個皇帝如此這般，實在令人不解。在元朝，帝王無陵寢，搞搞迷魂陣倒是很合乎情理，既然朱元璋生前都為自己的歸宿找好了地方，選擇紫金山陽的地塊筑陵，誰不知道他葬在那里?有必要擺迷魂陣，大造假象嗎?
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原來，在葬后不久即傳出，朱元璋不是葬在孝陵，而獨葬朝天宮。就是今天南京王府大街向南千米右手旁邊的朝天宮，具體地點是”世傳三清殿下為明祖真葬處“。在前人的文字中同樣可以找出這方面的記載，清代浙東學派代表人物全祖望的《從朝天宮謁孝陵》稱，”鐘阜衣冠是與非，朝天弓劍更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見神功圣德碑。開國諒無慚漢祖，嗣孫底是學曹丕。當年可笑山陵使，亂命何人為弼違(自注云：世傳高皇帝龍蛻在是宮，不在陵也)。“這里說的很清楚了，明孝陵僅是朱元璋的衣冠冢，而真正陰間”睡覺“的地方在”宮“(朝天宮)。
民間還有一個說法，來驗明這個觀點。據說當年孝陵內每到夜里就傳出一個婦人的哭聲，原來這是馬皇后的哭聲，后來大搞法事才沒有了哭聲。馬皇后為什么要哭?說是一人空守一座孤墳，悲傷所致啊，”后來孝陵傳夜哭，應緣馬后悲孤獨“，即是這個說法。
朝天宮，宋代時為天慶觀，元代叫元妙觀、永壽宮，朱元璋定都南京后，改為朝天宮，那時”百僚朝賀習儀于此“。葬在朝天宮這種說法，倒是給朱允炆”速葬“朱元璋、大擺迷魂陣、十三城門出殯找到了合理的解釋和可能性，朝天宮在城里，速葬起來很方便的;如果葬在孝陵內，就沒有必要搞假象。但后世好多學者都不信。
清代文人甘熙就不認可，其所著的《白下瑣言》稱，朱元璋花了幾百萬的銀子，造了十幾年(洪武九年即1376年，朱元璋決定在此建造自己的陵寢)，總不應該為馬皇后一個人造的吧。而且，朱允炆是很講孝道的一個仁義皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。?
后來又傳出，朱元璋不是葬在孝陵、也非朝天宮，離開了南京城，選葬在北京的萬歲山。清人趙執信《萬歲殿》稱，”明祖手持一杯酒，布衣劉季真吾友(太祖祭歷代帝王廟，惟漢高祖前加酒一杯，理由是只有劉邦和他一樣，是從個平民老百姓當上皇帝的，即‘惟公與我起布衣而有天下’一說)煤山萬壽聳崢嶸，猶是因依萬歲名。“
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后經考證，這是以訛傳訛，不可信。甘熙即說，”萬歲山在燕京，其時方以會葬不從，興師靖難，焉有奉移梓宮不遠數千里而往之事?“我也這樣認為，如果真是這樣，朱棣造反第一理由又從哪來?
但朱元璋到底是否真的葬在孝陵內，現在并沒有學者能說”一定“二字。我曾向原在孝陵博物館工作的中山陵園管理局文物處副處長廖錦漢先生請教過此事，廖稱，在明孝陵”申遺“之前，中山陵園管理局曾專門請南京大學等相關的技術、史學專家，經數年科學探測、考古，證明明孝陵地宮未曾被盜，完好無損。后來我再從相關專家處了解到，1998年開始，江蘇省地震局地震工程研究院的專家在寶城內，采用無損磁測法(GPM技術)，已經明確發現在寶頂地下深處有一個面積達數千平方米的建筑空間，而且還找到了進入這個空間長達百米的通道(墓道)走向和入口，無疑寶頂下存在的這個巨大建筑空間只能是明孝陵的地宮，而地宮的入口就在明樓東側十幾米處現呈下沉錯位、有裂口的寶城城墻下面。
但這并不能證明朱元璋的尸骨就在地宮中，真相恐怕只有等到開挖明孝陵的哪一天才能最終揭開!但這個日子恐怕如開挖始皇陵一樣，目前還不可能，很遙遠，這也是說，朱元璋到底葬在哪，在相當長的時間內，仍將是一個謎!